Kaito Kuroba to zwyczajny nastoletni uczeń, którego ojciec często nieobecny w domu. Po tajemniczej śmierci ojca Kaito dowiaduje się o jego ukrytej tożsamości jako słynnego międzynarodowego przestępcy znanego jako Międzynarodowy Przestępca 1412: Fantomowy Złodziej. Okazuje się, że jego ojciec został zamordowany przez tajemniczą organizację za odmowę pomocy w odnalezieniu „Kamienia Pandory”, magicznego kamienia rzekomo puszczającego „łzę” podczas przejścia określonej komety (często nazywanej „Kometą Volley”), który po spożyciu przyznaje nieśmiertelność. Kaito przysięga, że powstrzyma organizację przed osiągnięciem nieśmiertelności i przejmuje tożsamość ojca, wyruszając w poszukiwania kamienia. Jego jedynymi wskazówkami dotyczącymi lokalizacji kamienia są fakt, że świeci on na czerwono w pełni księżyca, oraz że jest to dwuczęściowy klejnot: kamień ukryty wewnątrz większego. W związku z tym musi to być stosunkowo duży klejnot o dziwnej historii, zawsze przechowywany w miejscu, do którego nigdy nie dociera światło księżyca. Dlatego bada i kradnie słynne, bezcenne klejnoty o nietypowych historiach z niezwykle dobrze strzeżonych lokalizacji, zawsze zwracając je po następnej pełni księżyca.