Kotetsushin Jeeg rozgrywa się pięćdziesiąt lat po wydarzeniach z oryginalnego serialu i wprowadza nowych postaci. Głównym bohaterem jest Kenji Kusanagi, uczeń szkoły średniej, który zmienia się w Kotetsushina Jeega, aby stawić czoła nagłemu powrotowi „Haniwa Genjin” (znanych również jako „Haniwa Phantom Gods” lub gliniane roboty) z Imperium Jamada, którym rządzi królowa Himika. W obsadzie drugoplanowej znajdują się Tsubaki Tamashiro, wnuczka Miwy Uzuki, oraz Kyou Misumi. W serialu pojawiają się również kilku głównych bohaterów z oryginalnej serii.