Katsuhira Agata to cichy i wycofany nastolatek, którego poczucie bólu praktycznie zniknęło. Jego przyjaciel, Chidori Takashiro, ledwie pamięta dni sprzed tej głębokiej przemiany, jakiej doznał Katsuhira. Teraz jego stłumione i zadowolone zachowanie sprawiają, że Katsuhira jest stałym celem dla dręczycieli, którzy wykorzystują go dla ogromnych sum pieniędzy. Ale ich pięści ledwie zmuszają go do mrugnięcia okiem, ponieważ nawet emocje są daleko poza jego zasięgiem. Jednak pewnego dnia Katsuhira, Chidori i czterej inni nastolatkowie są porwani i zmuszeni do dołączenia do Systemu Kizuna jako oficjalni „Kiznaiverzy”. Uczestnicy są połączeni bólem: jeśli jeden członek zostanie ranny, inni odczują równą ilość cierpienia. Ci ludzie muszą stać się królikami doświadczalnymi i kozłami ofiarnymi niedokończonego systemu zaprojektowanego z myślą o pokoju na świecie. Z ich losami dosłownie splątanymi, Kiznaiverzy muszą ujawnić swoje prawdziwe ja sobie nawzajem, lub ryzykować porażką znacznie większą niż tylko Systemu Kizuna.