Katsuhira Agata to cichy, stonowany nastolatek, który stracił niemal całkowicie poczucie bólu. Jego przyjaciel, Chidori Takashiro, pamięta tylko mgliście dni sprzed tej głębokiej przemiany, jaką przeszedł Katsuhira. Teraz jego stłumiony i zadowolony z siebie wygląd sprawia, że Katsuhira stał się stałym celem dla oprychów, którzy wykorzystują go do wyłudzania ogromnych sum pieniędzy. Ale ich ciosy ledwie zmuszają go do mrugnięcia okiem, ponieważ nawet emocje są dla niego nieosiągalne. Jednak pewnego dnia Katsuhira, Chidori i czterech innych nastolatków zostaje porwanych i zmuszonych do dołączenia do Systemu Kizuna jako oficjalni „Kiznaiverzy”. Uczestnicy połączeni są bólem: jeśli jeden z członków zostanie ranny, inni odczują równą ilość cierpienia. Ci ludzie muszą stać się królikami doświadczalnymi i kozłami ofiarnymi niedokończonego systemu zaprojektowanego z myślą o pokoju na świecie. Z ich losami dosłownie splątanymi, Kiznaiverzy muszą ujawnić swoje prawdziwe ja innym, albo ryzykować porażką znacznie większą niż tylko System Kizuna.