Po zniszczeniu ich rodzinnego miasta, dziecięcy przyjaciele Kafka Hibino i Mina Ashiro składają przysięgę, że staną się oficerami Sił Obrony, zwojskowanej organizacji odpowiedzialnej za ochronę Japonii przed gigantycznymi potworami znanymi jako „kaijuu”. Kilkanaście lat później, 32-letni Kafka prawie porzucił swoje marzenia o byciu bohaterem. Zamiast tego sprząta pozostałości po zabitych kaijuu, które zostały pokonane przez dzielnych żołnierzy – w tym Minę, która z powodzeniem osiągnęła ich wspólny cel. Po spotkaniu ze swoim nowym współpracownikiem, Reno Ichikawą, Kafka widzi odbicie swojego dawnego ja: ambitnego młodego mężczyznę, którego jedynym pragnieniem jest walka jako członek Sił Obrony. Niestety, obaj szybko zostają wciągnięci w niezwykłe spotkanie z uciekłym kaijuu. Choć Kafka wykazuje swoje wrodzone bohaterstwo i ratuje Reno przed pewną śmiercią, sam zostaje ciężko ranny. Podczas gdy obaj mężczyźni przebywają w szpitalu, Kafka zostaje pozornie zaatakowany przez kolejnego z tych potworów. W rezultacie zyskuje zdolność przekształcania się w humanoidnego kaijuu siły i mocy masowych potworów nękających Japonię. Nazwany „Kaijuu Nr 8” przez wojsko, Kafka postanawia wykorzystać swoje nowe darości dla większego dobra. Związani wzajemnym szacunkiem, Kafka i Reno wyruszają, aby dołączyć do wojowników takich jak Mina na czele Sił Obrony.