Groteskne potwory przypominające Godzillę, znane jako „kaijuu”, pojawiają się w Japonii od wielu lat. Aby stawić czoła tym bestiom, elitarna jednostka wojskowa zwana Korpusem Obronnym codziennie ryzykuje życie, chroniąc cywilów. Po zabiciu potwora „sprzątaczki” – pracownicy Korporacji Profesjonalnych Sprzątaczy Kaijuu – zajmują się utylizacją jego zwłok. Kafka Hibino, 32-letni mężczyzna, jest niezadowolony ze swojej pracy jako sprzątacz. Od młodości marzył o dołączeniu do Korpusu Obronnego i zabijaniu kaijuu na co dzień. Po kilku nieudanych próbach jednak porzucił swoje marzenia i pogodził się z przeciętnością, która zapewniała przyzwoitą wypłatę. Niemniej jednak, gdy do jego zespołu sprzątającego dołącza ambitny, 18-letni rekrut o imieniu Reno Ichikawa, Kafka ponownie przypomina sobie o swoim pragnieniu dołączenia do wojska. W wyniku serii niefortunnych zdarzeń i interakcji z młodszym sprzątaczem Kafka napotyka pasożytnicze kaijuu, które wchodzi do niego przez usta – zamieniając go w humanoidnego potwora. Dzięki nowo nabytym mocom Kafka postanawia po raz ostatni spróbować zrealizować swoje życiowe marzenie.