Istnienie Shintarou Kisaragi jako zamkniętego w sobie osoby byłoby idealne, gdyby nie Ene, cyberdziewczyna mieszkająca w jego komputerze. Żywa i wesoła, bawi się, stawiając w ostrej kontrast do jego apatii. To codzienne psoty Ene powodują, że jego klawiatura się psuje. Perspektywa niemożności korzystania z komputera staje się nie do zniesienia, co skłania go do wyjścia na zewnątrz, aby ją wymienić. W ten sposób, w szczycie letniego upału, Shintarou wychodzi z pokoju po raz pierwszy od dwóch lat. Jednak ta rutynowa wizyta w sklepie przybiera mroczny obrót, gdy grupa terrorystów zagraża centrum handlowemu, a on zostaje wzięty za zakładnika wraz z innymi klientami. Uwięziony w tym kryzysie, spotyka się z „Mekakushi-dan”, tajemniczą grupą nastolatków posiadających czerwone oczy i dziwne zdolności. Choć ich spotkanie wydaje się być kwestią przypadku, Shintarou musi polegać na ich pomocy, aby uratować centrum handlowe. Jednak losy tych nastolatków są bardziej głęboko połączone, niż się wydaje, co skłania ich do zadawania sobie pytania, czy ich spotkanie było czymś innym niż przypadkiem.