Akcja rozgrywa się w 1937 roku, na progu II wojny światowej, a fabuła koncentruje się na tajnej grupie szkoleniowej szpiegów zwanej „Agencją D”. Założona przez pułkownika Yuukiego z Cesarskiej Armii Japońskiej, organizacja rekrutuje osoby spoza standardowych absolwentów akademii wojskowych i personelu, kierując się jego ideałami, aby szkolić ich w sztuce manipulacji. Agenci ci tworzą specjalną jednostkę do przeprowadzania operacji. Jeden z nich, antybohater Jirou Gamou, podejmuje męczarnię misji odzyskania tajnych dokumentów znanych jako „Czarne Notatki”, walcząc jednocześnie z zagrożeniami zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz swoich szeregów.