Akcja rozgrywa się w 1937 roku, na przeddzień II wojny światowej, a fabuła koncentruje się na tajnej grupie szkoleniowej szpiegów zwanej „Agencją D”. Założona przez pułkownika Yūkiego z Cesarskiej Armii Japońskiej, organizacja rekrutuje osoby wykraczające poza standardowych absolwentów akademii wojskowych i personel, kierując się jego ideałami, aby szkolić ich w sztuce manipulacji. Ci operatorzy tworzą specjalistyczną drużynę do wykonywania misji. Jeden z nich, antybohater Jirō Gamou, podejmuje się wyczerpującego zadania znalezienia tajnych dokumentów znanych jako „Czarne Notatki”, zmierzając się jednocześnie z zagrożeniami płynącymi zarówno z wnętrza, jak i z zewnątrz własnych szeregów.