Mahiro Yasaka jest przeciętnym uczniem szkoły średniej, dopóki pewnego dnia nie zostaje nagle zaatakowany przez niebezpiecznego potwora. Gdy nadzieja zdaje się całkowicie zgaszona, ratuje go dziewczyna o srebrnych włosach o imieniu Nyaruko, która twierdzi, że jest przeobrażającą się boginią Nyarlathotepem z mitologii Cthulhu, stworzonej przez autora horrorów H. P. Lovecrafta, wysłaną na Ziemię przez Agencję Obrony Kosmicznej. Informuje Mahiro, że stworzenie, które go goniło, było obcym znanym jako Nightgaunt, które zamierzało go porwać i sprzedać w niewolę. Po uratowaniu go przez obcego, bóstwo z mitologii Lovecrafta zakochuje się w Mahiro i upiera się, by zamieszkać w jego domu, co powoduje u niego spore irytacje. Ponadto niedługo dołączają do nich dwa inne istoty z tego fikcyjnego wszechświata: Cthuko, dziewczyna obsesyjnie skupiona na Nyaruko, oraz Hasuta, młody chłopiec, który często jest mylony z piękną dziewczyną. Razem te trzy ekscentryczne istoty kosmiczne chronią Mahiro przed różnorodnymi zagrozeniami pozaziemskimi, które zagrażają zarówno jego bezpieczeństwu, jak i dobrobytowi Ziemi, jednocześnie zamieniając jego życie w żywy koszmar.