Akcja Guilty Crown rozgrywa się w 2039 roku i koncentruje na Shu Oumie, chłopcu, który zyskał „moc królów”, zdolność pozwalającą mu wydobywać broń z innych ludzi. Dołącza do frakcji oporu o nazwie „Undertaker”, która dąży do odzyskania niepodległości Japonii od międzynarodowej organizacji znanej jako GHQ.