Kilka lat po wydarzeniach z The Fruit of Grisaia... Dawna „Akademia Mihama”, schronienie dla młodych dziewcząt, została przekształcona w szkołę szkoleniową SORD (Specjalna Organizacja ds. Badań i Rozwoju), dedykowaną kultywowaniu talentów na rzecz obrony narodowej. Rena i Maki specjalizują się w broni palnej, Tohka i Gumi są mistrzyniami strzelania z karabinów snajperskich, Chris zajmuje się wybuchówką i przetwarzaniem danych, a Murasaki to biegła ninja wykonująca misje wywiadowcze. Wspólnie podejmują sprawy zbyt skomplikowane dla policji lub Sił Samoobrony, wielokrotnie stając twarzą w twarz z niebezpiecznymi misjami. To historia tych młodych dziewcząt, namalowana krwią i prochem.