Kei Narutani i jego przyjaciel z dzieciństwa, Song Minghua, to chińscy uchodźcy uciekający przed Zai, tajemniczą organizacją, która terroryzuje ich kraj i jego ludzi bez rozróżnienia. Na szczęście, podczas ucieczki do Japonii, zostają uratowani przez dziwny czerwony samolot. Zainteresowanie Keiego samolotem prowadzi go do spotkania z jego ratownikiem: dziewczyną, która jest „Animą” – pilotką unikalnego typu samolotu znanego jako „Córka”. Dziewczyna nazywa się Gripen, uroczy myśliwiec JAS-39F. Kei nawiązuje więź z Gripem i zostaje następnie powołany do Sił Samoobrony Japonii, aby pomóc Gripen w pokonaniu trudności z lataniem. Później dołączyli do nich Eagle, beztroski F-15J-ANM, oraz Phantom, dumny RF-4EJ-ANM. Eskadra bierze broń w ręce, zdeterminowana do ochrony ludzkości. Razem piątka osób walczy z inwazyjnym Zai, stanowiąc ostatnią linię obrony przed groźną obcą siłą.