Akcja Free!: Take Your Marks rozgrywa się między wydarzeniami z Free!: Eternal Summer a Free!: Dive to the Future. Film przedstawia ostatnie lato absolwentów poprzez cztery odrębne historie, zanim wyruszą w swoje przyszłe podróże. „Unmei no Choice!” (Wybór przeznaczenia!) śledzi Harukę Nanasego i Makoto Tachibanę, którzy szukają nowego mieszkania dla Haruki, gdy ten osiedla się w Tokio. „Hitou no Cooling Down!” (Chłodzenie w tajnym gorącym źródle!) przedstawia Aiichiro Nitoriego wybierającego prezent na ukończenie szkoły dla Rina Matsuoki i Sousukego Yamazakiego, podczas gdy Momotaro Mikoshiba wygrywa bilety do gorących źródeł Anago. Licząc na wspólną wycieczkę, Aiichiro i Momotaro zapraszają Rina i Sousukego. „Kessoku no Batafurai!” (Zjednoczony motyl!) pokazuje Reiego Ryugazakiego, Nagisę Hazukiego i Gou Matsuokę tworzących film rekrutacyjny, aby przyciągnąć nowych członków klubu na nadchodzący rok szkolny. „Tabidachi no Etanaru Buru!” (Odpływający wieczny błękit!) bada plany drużyn pływackich Iwatobi i Samezuka dotyczące niespodziankowej imprezy pożegnalnej dla Rina, który wkrótce wyjeżdża do Australii.