Po potrąceniu przez ciężarówkę w 2014 roku, Akira Natsume budzi się, aby odkryć, że znajduje się wewnątrz maszyny po 16-letniej śpiączce. Gdy przyzwyczaja się do nowego interfejsu, spotyka policjantkę Minami Uezono i jej androidowego partnera, Almę. Dwójka ta pokazuje Akirze, że jego mózg znajduje się w urządzeniu znanym jako EX-ARM – broni masowego rażenia. Na pokładzie statku wroga przemytnika, trójka musi uciekać, polegając wyłącznie na swoim sprycie i umiejętnościach bojowych. Mimo początkowej niechęci do walki, Akira wkrótce przypomina sobie słowa swojego brata sprzed wypadku. Ta pamięć inspiruje go do działania, posiadając ciało Almy, aby walczyć z przeciwnikami za pomocą sztuk walki. Gdy Alma podłącza go do jednego z portów statku, odkrywa destrukcyjny potencjał swojego EX-ARM, bez wysiłku hackując i przejmując kontrolę nad statkiem. Po bezpiecznym powrocie na ląd, Akira spotyka innych członków Zespołu Zapobiegania Kontrmiarom EX-ARM, jednostki policyjnej dedykowanej łagodzeniu skutków EX-ARM. Świadkując okrucieństw popełnianych przez tych, którzy szukają mocy EX-ARM, decyduje się dołączyć do zespołu i położyć kres terrorowi spowodowanemu przez te bronie.