Poza swoją silną fobią na widok urządzeń elektronicznych, Akira Natsume prowadzi życie całkowicie zwyczajnego nastolatka. W przeciwieństwie do niego, jego brat Shuuichi jest studentem uniwersytetu, który odnosi sukcesy w wielu dziedzinach życia. Chcąc podążyć śladem Shuuichiego, Akira postanawia poprawić się. Jednak zanim zdąży osiągnąć ten cel, zostaje potrącony przez ciężarówkę, próbując uratować dziewczynę przed hultajami. Po odzyskaniu przytomności Akira jest wstrząśnięty, odkrywając, że znajduje się wewnątrz maszyny; ponadto minęło 16 lat od wypadku z ciężarówką. W trakcie zamieszania w głowie Akiry, policjant Minami Uezono wyjaśnia, że mózg Akiry znajduje się w EX-ARMIE – wysoce zaawansowanej broni zdolnej do wyrządzania ogromnych zniszczeń. Towarzysząc mu android o imieniu Alma, Minami obecnie przebywa na wrogim statku przemytników, aby wykonać kluczową misję: odzyskać EX-ARMA Akiry. Mimo początkowego zdezorientowania, Akira szybko uczy się wykorzystywać ogromną moc swojego EX-ARMA i ostatecznie spotyka szefa Wydziału Przeciwdziałania EX-ARM, działu policji zapobiegającego przestępstwom popełnianym przez maszyny. Następnie Akira bierze na siebie zadanie zwalczania tych okropnych przestępstw, co może doprowadzić go do odkrycia przyczyny jego obecnego stanu.