Dwadzieścia lat przed rozpoczęciem akcji, asteroida na kursie kolizyjnym z Ziemią niszczy Plutona. Ze względu na zniszczenie Plutona, asteroida o nazwie Thanatos staje się tymczasowo bezruchowa. Teraz, aby zapobiec nadchodzącemu zniszczeniu Ziemi, Międzynarodowa Agencja Rozwoju Układu Słonecznego (ISDA) pracuje nad "Projekt D" i tworzy "Dragonauta" po odkryciu jajka smoka pod oceanem. Głównym celem tej broni jest zniszczenie asteroidy, gdy nadejdzie odpowiedni czas. Jednak szybko zdają sobie sprawę, że asteroida nie jest ich jedynym zagrożeniem, ponieważ na Ziemi pojawiają się potężne, przypominające smoki stworzenia, dążące do zniszczenia. Po świadczym morderstwa popełnionego przez jedno z tych stworzeń, Jin Kamishina, samotny 18-letni chłopak, który stracił rodzinę w wypadku wahadłowca dwa lata wcześniej, angażuje się w tajemnice smoków i zostaje wybrany na pilota Dragonauta. W jego podróży pomaga mu Toa, tajemnicza dziewczyna, która ratuje go przed śmiercią z wysokości po ataku stworzenia. Gdy zagłębiają się w tajemnice smoków, spotykają nowych przyjaciół i wrogów, a także zaczynają rozwijać bliższą relację.