W roku 20XX ludzkość staje przed bezprecedensowym kryzysem w swojej historii, gdy pozaziemskie smoki wybierają Ziemię jako miejsce lęgu. Niestety, gdy jaja smoków się wyklują, wchłaniają wszystkie składniki odżywcze z otaczającego terenu, zamieniając go w jałową pustynię. Tak właśnie stało się z Tokio dwa lata temu, gdzie nasz bohater, Kamishina Jin, stracił swoich bliskich. Teraz dołączył do jednostek Dragonautów wraz z Toa, tajemniczą dziewczyną, która go uratowała, aby powstrzymać smoki przed zniszczeniem reszty Ziemi.