Shidou Itsuka staje przed zwiększonym niebezpieczeństwem z powodu swojego trwałego powiązania z Ratatoskr. Zdołał już zapieczętować 10 Ducha, a Isaac Westcott, przywódca Deus Ex Machina Industries, ostatecznie postanowił zlikwidować Shidou i przejąć moc Ducha dla własnych celów. Aby osiągnąć ten cel, Isaac rozpoczyna wojnę na pełną skalę przeciwko Ratatoskr, zmuszając organizację do wyczerpania swoich zasobów, aby zagwarantować przetrwanie Shidou. Mimo że są oni znacznie przeroszeni liczebnie i pod względem siły ognia, iskierka nadziei tkwi w osobie Kurumi Tokisaki, Duchu Czasu. Shidou musi zapieczętować i pozyskać moc Kurumi, aby móc cofnąć się w czasie i stawić czoła Duchowi Początku — katalizatorowi, który zainicjował cały konflikt.