Trzydzieści lat temu ponad sto milionów ludzi zginęło w bezprecedensowej katastrofie nazwanej „przestrzennym trzęsieniem”. Od tamtego wydarzenia ludzkość opracowała środki zapobiegawcze mające na celu zmniejszenie skutków przyszłych klęsk, w tym protokoły natychmiastowej ewakuacji oraz błyskawiczną odbudowę zniszczonych budynków. Obecnie 16-letni Shidou Itsuka mieszka sam ze swoją siostrą, Kotori. Pewnego dnia, mimo wcześniejszych ostrzeżeń, zostaje schwytany w przestrzenne trzęsienie. Cudem przetrwuje wybuch i po jego zakończeniu spotyka tajemniczą dziewczynę, którą wkrótce identyfikuje jako „Ducha” — nadprzyrodzoną istotę odpowiedzialną za te przestrzenne trzęsienia. Z czystego przypadku dowiaduje się również o „Zespole Przeciw-Duchom”, specjalnej jednostce wojskowej powołanej do niszczenia tych Ducha siłą. Zanim te odkrycia zdążą w pełni zapuścić korzenie, Shidou zostaje werbowany przez Ratatoskr, organizację dążącą do pokojowego łagodzenia zagrożeń stwarzanych przez Duchy — przy czym jego siostra pełni w niej funkcję dowódcy. Jako nowa broń Ratatoskr, Shidou musi neutralizować moce Ducha, aby zapobiec dalszym zniszczeniom. Jego metoda działania: randkowanie z nimi i „zawieranie umowy” poprzez namiętne pocałunki.