Korporacja Persona Century posiada prawie każdy kawałek ziemi na Ziemi. Niezgoda nie jest tolerowana w granicach korporacji, a ci, którzy sprzeciwiają się Personie, są rozprawiani się szybko. Jednym z nielicznych miejsc, które nie są jeszcze pod kontrolą Persony, jest wolne miasto Kabuki-cho, znane również jako "Ciemna Strona Tokio". W mieście, pod przywództwem kobiety o imieniu Mai, działa mała grupa oporu o nazwie Messiah. Do tego świata wchodzi mężczyzna, który przyjmuje pseudonim Kabuki-cho: Darkside. Osiemnaście lat temu zamknięty w innej wymiarze przez Persona Century, Darkside wraca, aby pomóc Messiah, używając swojej unikalnej mocy odnowienia.