Po tym, jak Joe Shimamura zostaje ofiarą poważnego wypadku samochodowego, tajemniczy mężczyźni szybko wkładają jego ciało do podróbki ambulansu. Zostaje zabrany do siedziby Black Ghost, organizacji, która prowokuje konflikty ludzkie, aby czerpać zyski z wojen. To właśnie w tym miejscu Joe odradza się jako potężny Cyborg 009. Odmawiając bycia narzędziami zniszczenia, 009 i inni cyborgi buntują się i uciekają, aby żyć w spokoju. Black Ghost jednak nie jest gotowy pozwolić cyborgom, których wyobrażał sobie jako swoje superbroń, odejść bez walki.