Joe Shimamura i jego towarzysze mogą wydawać się zwykłymi mężczyznami, ale w rzeczywistości są czymś zupełnie innym. Joe to w istocie Cyborg 009, członek drużyny cyborgów walczącej dla wyższego dobra. Każdy z cyborgów wyposażony jest w unikalną zdolność, sięgającą od mocy topienia dowolnego materiału, przez oddychanie pod wodą, aż po lot. On i ośmiu innych cyborgów zostali zmodyfikowani bez ich zgody przez organizację Neo-Black Ghosts, aby służyli jej własnym interesom. Zamiast tego postanowili zjednoczyć się i użyć swoich mocy do walki z byłymi porywaczami oraz wszystkimi siłami zła.