Mimo że Sakura Sakurakouji jest wesoła i delikatna, to biegła w sztukach walki i ma niezłomne poczucie sprawiedliwości, niezależnie od sytuacji. Podróżując autobusem do domu, staje się świadkiem ludzi palących się w niebieskich płomieniach. Zgłasza sprawę na policję, aby sprawca został ukarany, ale okazuje się, że nie ma żadnych dowodów. Jednak wszystkie jej wątpliwości co do tego, co widziała, znikają następnego dnia, gdy do jej klasy przychodzi nowy uczeń, Rei Oogami; to właśnie on jest chłopcem, którego widziała dokonującego morderstwa na zimno. Rei jest miły, słodki i szybko zyskuje popularność, co stoi w sprzeczności z oskarżeniami Sakury. Wkrótce dowiaduje się jego prawdziwej natury: jest Code Breakerem, czyli „tym, kto nie istnieje”. Do zdumienia Sakury, Rei, uzbrojony w tajemnicze moce, dąży do wymierzania sprawiedliwości zgodnie z zasadą „oko za oko”. Rozwiązana, by wprowadzić Reiego na właściwą ścieżkę, Sakura trzyma się blisko niego, licząc na to, że odwróci go od jego działań, zanim ktoś inny zostanie skrzywdzony.