Sakura Sakurakouji jest świadkiem, jak duża grupa ludzi jest bezlitośnie palona żywcem w niebieskich płomieniach, podczas gdy chłopak obserwuje to z okrutnym wyrazem twarzy. Pędzona przez swoją niezłomną poczucie sprawiedliwości, wraca na miejsce zdarzenia następnego dnia. Jednak ani ona, ani policja nie znajdują żadnych ciał ani dowodów sugerujących, że doszło do takiego przestępstwa. W szkole poznaje Rei Oogami, nowego ucznia z innej szkoły i charyzmatycznego chłopaka, który szybko podbija klasę. Sakura rozpoznaje go jako mordercę i wkrótce dowiaduje się, że Rei jest kimś, kto istnieje poza prawem: "Code:Breaker". Mimo jego usprawiedliwienia "oko za oko, ząb za ząb i zło za zło", Sakura jest przekonana, że działania Rei są błędne i zamierza go powstrzymać, zanim ktoś inny ucierpi.