Przez wieki ludzie walczyli z Bestiami — rasą zdolną do zmiany kształtu dzięki swojemu genetycznemu „Czynnikowi Bestii”. Z powodu tego konfliktu Bestie zostały zmuszone do ukrywania się. Miasto Anima stanowi bezpieczną przystań dla tych prześladowanych istot, pozwalając im żyć bez ludzkiej ingerencji. Podczas festiwalu obchodzącego 10. rocznicę miasta Michiru Kagemori, człowiek, który nagle zamienił się w tanuki, odkrywa, że Anima City jest dalekie od raju. Po świadectwie wybuchu na placu zostaje skonfrontowana z Shirou Ogami, pozornie niezniszczalnym wilkiem i przysięgłym stróżem wszystkich Bestii. Gdy ścigają sprawców zamachu, oboje odkrywają, że Michiru wcale nie jest zwykłą Bestią, i postanawiają zbadać jej tajemniczą przeszłość oraz niezwykłe zdolności. Czy może okazać się brakującym ogniwem między ludźmi a Bestiami?