Siedemnastoletni Jirou Azuma prowadzi spokojne życie z dziadkiem, wykorzystując swoją nadprzyrodzoną zdolność do komunikacji ze zwierzętami, aby je przyjaźnić i chronić. Zarówno Jirou, jak i jego dziadek są potomkami starego klanu shinobich, trenujących walkę, aby utrzymać sztukę bitewną w rodzinie. Życie Jirou zostaje obrócone do góry nogami po uratowaniu pozornie zwykłego czarnego kota, Ragou, który okazuje się być mononoke — demonicznym duchem, który od dawna toczy wojnę z ludzkością. Gdy wrogi mononoke przybywa po Ragou, Jirou wykorzystuje swoje szkolenie shinobi, aby bronić kota, ale natychmiast odnosi śmiertelne rany. Stojąc przed decyzją, czy zjeść słabnącą energię Jirou i odzyskać pełną moc, Ragou zamiast tego decyduje się przekazać swoją resztkę energii Jirou. Ożywienie chłopca nadaje mu również wielką nadprzyrodzoną moc, która uzupełnia jego styl walki shinobi. Ten akt jest świadkiem Ryousuke Shiba, oficera Biura Szpiegostwa, którego zadaniem jest wysyłanie agresywnych mononoke. Shiba oferuje Jirou i jego dziadkowi dołączenie do nowej drużyny Biura, Black Torch, i pomoc w walce z potężnymi mononoke, które chcą pożreć niewinnych ludzi.