Po wydarzeniach z Amagami SS, licealista Junichi Tachibana kontynuuje swoje relacje z dziewczętami ze swojej szkoły. Amagami SS+ Plus rzuca światło na to, co działo się po rozwiązaniu indywidualnych historii każdej z dziewczyn. Między Junichim a każdą z dziewczyn rozgrywają się nowe wydarzenia. Tsukasa Ayatsuji, przewodnicząca klasy, kandyduje na stanowisko przewodniczącej samorządu uczniowskiego; Rihoko Sakurai, która przejęła Klub Herbaty wraz z Junichim, nadal pragnie wyznać mu swoje uczucia; Ai Nanasaki zadaje sobie pytanie o przyszłość jej relacji z Junichim, gdy ten wyjeżdża na studia; Kaoru Tanamachi zastanawia się, czy jej związek z Junichim kiedykolwiek wejdzie na wyższy poziom; Sae Nakata i Junichi muszą zmagać się z klasowymi kolegami, którzy nadal nie mogą uwierzyć, że ktoś taki uroczy jest jego dziewczyną; a Haruka Morishima chce przenieść ich związek na wyższy poziom i wyjść za niego za mąż.