Instytut Badań Millennium to biuro doradcze przyjmujące dziwne zlecenia. Jego szefem jest Ichirou Umoregi, znany również jako „Akuma-kun”, chłopak-geniusz, który pojawia się tylko raz na 10 000 lat. Jednak nie zna swojej prawdziwej rodziny. Dlatego Akuma-kun i jego partner Mephisto III ścigają tajemnicę swojego pochodzenia, jednocześnie rozwiązując tajemnicze sprawy w tej enigmatycznej historii o detektywistycznym duecie.