Po incydentach związanych z Burst Linkerem Dusk Taker, Kuroyukihime przypomina sobie, jak wprowadziła Haruyukiego Aritę do programu „Brain Burst” – oprogramowania, które pozwala użytkownikom przyspieszyć procesy poznawcze do tego stopnia, że czas wydaje się zatrzymać. Od czasu dołączenia Haruyuki zyskał uznanie wśród innych Burst Linkerów i pomógł Kuroyukihime w jej celu osiągnięcia najwyższego poziomu w grze. W trakcie konfliktu terytorialnego z ich legionem, Nega Nebulus, Haruyuki i jego towarzysze zostają wyrzuceni z programu z powodu katastrofalnej burzy w grze. Kamery bezpieczeństwa w całej Tokio zaczynają ulegać awarii, zjawisko, które Kuroyukihime łączy z awarią Brain Burst. Rozwiązana do rozwiązania kryzysu, Nega Nebulus musi zaangażować inne legiony, aby znaleźć przyczynę błędu i przywrócić funkcję przyspieszenia.