Abara rozgrywa się w dystopijnym świecie zdominowanym przez ogromne struktury. Fabuła koncentruje się na istotach zwanych Gaunas, które potrafią przekształcać kości w pancerz i broń otaczające ich ciała w procesie transformacji. Proces ten zaczyna się od kręgosłupa, tworząc warstwowe płyty. Akcja śledzi losy konkretnego Gauny o imieniu Kudou Denji, choć początkowo posługuje się on pseudonimem Itou Denji.