Fabuła rozpoczyna się od konfrontacji między dwoma rywalizującymi bohaterami, ZETEM i ALPHASEM, po czym przybliża ich tła: Jin Kanzaki, młody człowiek zdolny do transformacji w nadludzką istotę znaną jako ZET, oraz Kouga Amagi, młody człowiek napędzany silnym poczuciem sprawiedliwości, który wykorzystuje technologię, by walczyć jako ALPHAS. Losy tych dwóch mężczyzn oraz osób z ich otoczenia splatają się, gdy dążą do ochrony ludzkości i wyeliminowania potwornych istot określanych mianem Players.