Kyou Sogoru, przeciętny uczeń szkoły średniej i zapalony pływak, mieszka w malowniczym mieście Maihama. Jego rutyna polega na spędzaniu czasu z przyjaciółmi, pływaniu i graniu w gry wideo. Jednak jego zwyczajne życie zostaje zburzone, gdy Shizuno Misaki, piękna i enigmatyczna dziewczyna, składa mu niezwykłą prośbę: aby razem wskoczyli do szkolnego basenu. Ta decydująca skok przenosi Kyou do świata zniszczonego przez wojnę, gdzie ludzie pilotują potężne humanoidne mechów zwane Zegami, aby walczyć z wrogimi obcymi znanymi jako Gards-Orm. Aby kierować tym wysiłkiem, ludzie utworzyli Cerebrum, frakcję rebeliantów poświęconą powstrzymaniu Gards-Orm przed wymarciem ludzkości. W miarę jak Kyou angażuje się w misje bojowe, interakcje z innymi pilotami Zegów i obserwuje liczne ofiary śmiertelne, zaczyna wątpić w prawdziwą naturę tego świata oraz własnego istnienia.