Świat Yozakura Quartet składa się z dwóch odrębnych sfer: jednej dla ludzi i jednej dla youkai. Choć youkai zazwyczaj wyglądają jak ludzie, mogą posiadać zwierzęce cechy fizyczne oraz różne zdolności specjalne. Podczas gdy youkai są zwykle ograniczeni do własnego świata, niektórym udało się przedostać do sfery ludzkiej. Jako symbol pokoju i most łączący te dwa światy, w obrębie ochronnej bariery siedmiu magicznych drzew, znanych jako Siedem Filarów, zbudowano miasto. Miasto to, Sakurashin, zamieszkują zarówno ludzie, jak i youkai, a pokój między nimi strzeże Biuro Doradztwa Życiowego Hizumi. Biurem kieruje Akina Hiizumi, nastolatek, który odziedziczył po rodzinie zdolność do wykonywania „strojenia”, moc pozwalającą na trwałe odsyłanie szkodliwych youkai do ich świata. Wspomagają go grupa dziewcząt, w tym Hime Yarizakura, 16-letnia burmistrz miasta i youkai; Ao Nanami, miejscowa prezenterka i telepatka; oraz Kotoha Isone, pół-youkai, która potrafi przywoływać przedmioty, wystarczy że wymówi ich nazwy. W miarę jak przybywają nowi mieszkańcy i rozgrywają się tajemnicze wydarzenia, ta czwórka stróżów oraz ich najbliżsi przyjaciele muszą nadal strzec Sakurashin i utrzymywać kruchy pokój między ludźmi a youkai.