Venus Versus Virus opowiada historię Sumire, zwykłej uczennicy, która od dzieciństwa ma zdolność widzenia duchów. Dzieli się tym faktem ze swoimi przyjaciółmi i rodziną, ale oni odrzucają jej twierdzenia, zakładając, że kłamie. Przypadkowe spotkanie z broszą, która pojawia się znikąd, potworem oraz Lucią, gothic lolita zabijającą potwory, skłania Sumire do podjęcia zmieniającego życie decyzji: wykorzystania swojej zdolności do walki z tymi „wirusami”, które żywią się ludzkością.