Kaname Kuran, wampir z czystej krwi, spał w lodowatym trumnie przez tysiąc lat. Po przebudzeniu przez dwóch nieznanych wampirów, odkrywa, że stał się człowiekiem i odzyskał życie bez żadnych wspomnień. Wampiry, Ai i Ren, zaczynają opowiadać wydarzenia, które przeoczył w ciągu minionego tysiąclecia – ujawniając losy tych, którzy kiedyś byli mu drodzy, takich jak Yuuki Cross, oraz innych, których znał, takich jak Zero Kiryuu. Vampire Knight: Memories to seria nieliniowych historii przedstawiających to, co działo się podczas snu Kanamego, a także ujawniających prawdę o naturze relacji między Kaname, Ai i Ren.