Gdy kawaler Daikichi Kawachi bierze udział w pogrzebie swojego dziadka, zaskoczony odkrywa w ogrodzie samotną, tajemniczą dziewczynkę. Do jego zdumienia, nieśmiała i powściągliwa dziewczynka o imieniu Rin Kaga uważana jest za nieślubne dziecko jego zmarłego dziadka. Ze względu na wstydliwe okoliczności otaczające małą dziewczynkę, nikt w rodzinie nie chce przyjąć jej pod swój dach po śmierci jej ojca. Rozgniewany zimnym traktowaniem niewinnej dziewczynki, Daikichi ogłasza, że sam zajmie się Rin, mimo swojego młodego wieku, stanu kawalerskiego i braku doświadczenia w wychowywaniu dzieci. Usagi Drop opowiada historię Daikichiego i Rin, którzy próbują odnaleźć szczęście i cel w swoim przeznaczeniowym spotkaniu.