W pewną Wigilię Hana, Gin i Miyuki przeszukują sterty śmieci w poszukiwaniu prezentów, gdy w mroźną zimową noc natrafiają na porzucone niemowlę. Wstrząśnięci tym wzruszającym widokiem, u Hany budzą się instynkty macierzyńskie, a ona domaga się odnalezienia biologicznej matki dziecka, aby uzyskać wyjaśnienia. Nadają infantowi imię Kiyoko – co oznacza „czyste dziecko” – i rozpoczynają poszukiwania, korzystając z potencjalnych wskazówek pozostawionych wraz z nią: tajemniczego klucza i pojedynczej notatki. Jednak ich plany szybko popadają w chaos, gdy zostają wplątani w serię bezprecedensowych wydarzeń. Tokyo Godfathers towarzyszy trójce w jej podróży, podczas której trzymają się razem w dobrych i złych czasach, licząc na to, że dostarczą Kiyoko do jej prawdziwego domu i znajdą własne świąteczne cudowne wydarzenie.