W świecie zamieszkanym przez latające wyspy i statki powietrzne, Sheeta to młoda dziewczyna porwana przez agentów rządowych poszukujących jej tajemniczego kryształowego amuletu. Trzymając się w niewoli na statku powietrznym, czuje bezradność – dopóki piraci nie zaatakują statku. Wykorzystując okazję stworzoną przez chaos, Sheeta ucieka swoim oprawcom. Po ucieczce spotyka Pazua, chłopca, który marzy o znalezieniu legendarnego latającego zamku, Laputa. Para postanawia wyruszyć razem, aby odnaleźć ten zamek w niebie. Jednak szybko odkrywają, że agenci rządowi ponownie ich ścigają, ponieważ ci agenci również chcą dotrzeć do Laputy ze swoich własnych, egoistycznych powodów. Tenkuu no Shiro Laputa opisuje wzniosłe przygody Sheetty i Pazua, podczas których uczą się, jak marzenia i trudne okoliczności mogą zbliżyć dwie osoby do siebie.