W niedalekiej przyszłości zmiana klimatu na świecie spowodowała powstanie trwałego nadcyklonu na Pacyfiku Zachodnim: Wielkiego Wrzasku, który zmienił oblicze Ziemi i zatopił większość krajów. Żegluga i transport morski stały się kluczowe dla narodów, a po pojawieniu się piratów morskich firmy musiały zatrudniać krążowniki eskortowe w celu ochrony swoich inwestycji. Hyousuke Nagimiya to inżynier systemów, który otrzymał zlecenie ulepszenia Pascal Magi, statku załogowanego wyłącznie przez kobiety, pod dowództwem Misaki Nanaha. Razem załoga dąży do udowodnienia swoim krytykom, że nie są zwykłą „marką Alice”. Jednak podczas wykonywania misji wydaje się, że większa globalna spisek działa w tle, aby wykorzystać ten nowy porządek świata.