W 2039 roku poważne konsekwencje globalnego ocieplenia spowodowały podniesienie poziomu mórz, co doprowadziło do znaczącej utraty lądu. Aby zmusić ludzkość do wyciągnięcia wniosków, pojawia się flota potężnych okrętów wojennych wyposażonych w zaawansowaną broń, zadając druzgocące porażki siłom morskim na całym świecie. Określając siebie jako Flotę Mgły, każdy statek posiada "Model Umysłowy", humanoidową awatar, który pełni funkcję serca okrętu, jego "Jądra Unii". Choć każdy model wykazuje odrębną osobowość, wszyscy podlegają nieznanej władzy zwanej Kodeksem Admiralicji, która ustanowiła blokadę, aby zapobiec przekraczaniu morza przez ludzi. Siedemnaście lat po rozpoczęciu blokady Gunzou Chihaya, absolwent Narodowej Akademii Morskiej, spotyka się z I-401 i jej Modelem Umysłowym, Ioną, która przystępuje do ludzkości z powodów, które pozostają niejasne. Wykorzystując tę nową nadzieję na pokój ludzkości, Gunzou i jego przyjaciele tworzą grupę korsarzy o nazwie Blue Steel i wyruszają w niebezpieczną podróż.