Przygotowania do nowej ofensywy przeciwko Neuroi — tajemniczej rasie obcych inwazji — są w pełnym toku. Celem jest zabezpieczenie Berlina, stolicy Imperium Karlsland, co jest konieczne do wyeliminowania zagrożenia ze strony Neuroi w Europie. Jednakże, ponieważ wróg może dostosowywać się do pola walki na co dzień, siły sojusznicze i obecny stan technologii Striker mogą nie wystarczyć do osiągnięcia zwycięstwa. Tymczasem Yoshika Miyafuji, Czarownica z Fusō, kontynuuje swoje studia medyczne w Lozannie. Po odzyskaniu sił po niedawnym incydencie, który pozbawił ją mocy magicznych, jest gotowa do pomocy w wysiłkach wojennych. Wezwanie do broni wkrótce nadchodzi, a rozproszone Czarownice 501. Złączonego Skrzydła Myśliwskiego muszą zostać ponownie zebrane dla ostatniego ataku przeciwko wrogowi.