Zwyczajowa bezczelność Sonica the Hedgehoga powoduje, że pożądane Chaos Emeralds trafiają w środek walki i stają się niestabilne tuż przed aktywacją. Powstały w wyniku tego Chaos Control pochłania wszystko w promieniu kilku mil od bazy Dra Eggmana, a ze względu na zniekształcone dane wejściowe nikt nie potrafi przewidzieć skutków. Oddzielony od przyjaciół i wrogów, Sonic budzi się w dziwnym świecie: w nieznanej mieście otoczonym przez tajemniczych ludzi. Uświadamia sobie, że został przeniesiony przez wszechświat na zupełnie inną planetę – Ziemię. Gdy spieszy się, by uciec przed równie zdezorientowanymi władzami, Sonic wpada głową do basenu zaszczyconej rodziny Thorndyke. Na szczęście Christopher, syn Thorndyke’ów, ratuje Sonica i oferuje mu ochronę przed społeczeństwem, które błędnie uważa go za wrogo nastawione. Schroniony w tej rodzinie, Sonic postanawia zebrać siły, by połączyć się z przyjaciółmi, uratować ten nowy świat przed zagrożeniem, które im przyniósł, oraz znaleźć drogę do domu.