Sonic the Hedgehog i jego przyjaciel Miles "Tails" Prower mieszkają w wraku zardzewiałego starego samolotu na błyszczących brzegach South Island, nie znając trosk świata. Prezydent Planet Freedom pilnie wezwuje dwójkę, ale kłopoty zaczynają się, gdy Sonic i Tails zamiast niego znajdują w biurze leniusia doktora Eggmana, który czuje się tam jak u siebie. Choć Sonic wolałby po prostu rozprawić się z Eggmanem i wrócić do swoich spraw, doktor twierdzi, że nie ma żadnych nowych planów podboju świata. Zamiast tego błaga o pomoc: generator zasilający domowe miasto Eggmana, Eggmanland, został przejęty i przeciążony przez tajemniczego wroga. Jeśli nikt nie interweni, eksploduje, niszcząc domy zarówno Eggmana, jak i Sonica. Niechętnie zgadzając się na tę wyprawę, w nadziei, że Eggman mówi prawdę, Sonic i Tails wyruszają w otchłań – gdzie czyha nieznany, a jednocześnie dziwnie znajomy wróg.