Shin Captain Tsubasa rozgrywa się podczas Międzynarodowego Turnieju Młodzieżowego (U-16) w Paryżu we Francji. Po zwycięstwach nad młodzieżowymi reprezentacjami Argentyny, Włoch i Francji, japońska kadra młodzieżowa awansuje do finału przeciwko potężnej młodzieżowej reprezentacji RFN. Z wysokim bramkarzem Müllerem, asem Kaltzem i najlepszym europejskim graczem Schneiderem, RFN stawia Japonii wyjątkowo trudne wyzwanie w meczu finałowym.