Pod koniec XX wieku globalne ocieplenie przekształciło Tokio w tropikalną metropolię, a niszczycielskie burze uczyniły życie w mieście niemożliwym. Rząd zdecydował się opuszczenie Tokio, ewakuując jego mieszkańców do gigantycznego, wielowarstwowego megalopolis o nazwie „Atlas”. Jednak ograniczona pojemność Atlasu spowodowała napływ uchodźców i wzrost liczby partyzantów antyrządowych. Houjyou Kuniko, przywódczyni partyzantów, chwyciła za broń, aby stawić czoła rządowi i zatrzymać projekt Atlasu.