Shadowverse Flame przedstawia nowego protagonistę, Lighta Tenryu, a jego fabuła rozgrywa się w Akademii Shadowverse, instytucji poświęconej szkoleniu profesjonalnych graczy w grę Shadowverse. Light Tenryu, student przeniesiony z innej szkoły, decyduje się dołączyć do „Seventh Flame”, jednego z siedmiu klubów Shadowverse. Jednak Seventh Flame stoi w obliczu natychmiastowego rozwiązania z powodu braku członków! Aby zapobiec likwidacji klubu, Light postanawia pozyskać nowych członków. Jednakże przed nim stoją potężni rywale, którzy dysponują różnorodną kolekcją kart...