Nikumaru, co po japońsku oznacza "mięsna kulka", to siedemnastoletni uczeń Szkoły Ninja, placówki poświęconej szkoleniu ninja. Mimo że jest niski i pulchny, opanował super technikę zwaną "kamikaze", polegającą na wywoływaniu wirów za pomocą stóp. Seria opisuje jego liczne przygody i psoty, gdy Nikumaru spotyka się ze swoimi rywalami zarówno w szkole, jak i poza nią.