Nikumaru, co po japońsku oznacza "mięsna kulka", to siedemnastoletni uczeń Szkoły Ninja, specjalistycznej placówki szkoleniowej dla ninja. Jest niski i pulchny, ale opanował super technikę zwaną "kamikaze", w której za pomocą stóp tworzy wir. Seria przedstawia jego liczne przygody i psikusy, gdy Nikumaru spotyka swoich rywali zarówno w szkole, jak i poza nią.