Apokaliptyczne wydarzenie zniszczyło Japonię, pozostawiając po sobie jedynie bezkresne piaszczyste równiny, podczas gdy tajemnicza rdzawa choroba straszy resztki cywilizacji. Rząd twierdzi, że ten okropny stan nowego świata wynika z zarodników grzybów rozsiewanych przez osoby takie jak Bisco Akaboshi, który jest określany mianem „Grzyb Jedzący Ludzi”. Bisco jednak stanowczo się z tym nie zgadza. W rzeczywistości jest on „Ochroniarzem Grzybów”, zdeterminowanym, by odnaleźć legendarny grzyb „Sabikui”, który rzekomo jest ostatecznym lekarstwem na rdzawą chorobę. W tej poszukiwawczej wyprawie towarzyszą mu jego olbrzymi krab, Akutagawa, oraz życzliwy lekarz Milo Nekoyanagi, który aktywnie poszukuje leczenia na zatrucie rdzą, aby pomóc swojej chorej siostrze. Mimo uprzedzeń, na które natrafia ze strony zwykłych ludzi, Bisco odmawia porzucenia swojej misji oczyszczenia gnijącego świata.